Антигенами принято считать любые молекулы, которые специфично связываются с антителами. По отношению к человеческому организму антигены характеризуются как внешним, так и внутренним происхождением. Несмотря на то, что все антигены в состоянии контактировать с антителами, отнюдь не все из них способны вызывать иммунные ответы. Антигены, обеспечивающие иммунные ответы, называются иммуногенами.
Антигены по своей структуре состоят из белков либо полисахаридов и являются частями вирусов либо бактерий. Множество липидов и нуклеиновых кислот, главным образом, демонстрируют иммуногенные характеристики лишь в комплексе с белками. Простейшие элементы способны вызвать иммунные ответы также только в комплексе с белками-носителями. Подобные вещества именуются гаптенами.
К антигенам, обладающим немикробным происхождением, относят пыльцу, яичные белки, а также белки трансплантированных тканей и клеток крови.
Аллергены по своей природе являются антигенами, вызывающими аллергические реакции.